A Residência Médica em Cirurgia Torácica do Hospital de Messejana é feita anualmente.  São 2 vagas com pré-requisito de Cirurgia Geral ou Programa de Pré-requisito em Área Básica. Todo o processo seletivo é realizado pelo sistema ENARE. O edital comumente é divulgado no mês de agosto. No mesmo mês comumente são abertas as inscrições.

A Residência Médica em área de atuação em Endoscopia Respiratória do Hospital de Messejana é feita anualmente.  São 2 vagas com pré-requisito de Pneumologia, Cirugia Torácica ou Endoscopia. Todo o processo seletivo também é realizado pelo sistema ENARE. O edital comumente é divulgado no mês de setembro. No mesmo mês comumente são abertas as inscrições.

Além da seleção anual para residemtes de primeiro ano em cirurgia torácica temos anualmente 12 vaga para R3/Fellow/Ano Adicional. A seleção também é feita pelo ENARE.